Dacă pentru Linné sau Lammarck nu exista termenul de speciere în cartea lui Charles Darwin On the Origin of Species, apărută în 1959, există o singură ilustrație dar este suficient ca să înțelegem reprezentarea observațiilor sale asupra specierii într-un arbore polifiletic.
Encyclopedia of Human Evolution and Prehistory reunește modelul polifiletic și cel parafiletic în termenul nonmonofiletici. Astfel taxonii sunt nonmonofiletici dacă nu îndeplinesc specificațiile definiționale ale monofiliei. Uneori se disting două tipuri de nonmonofilie. Parafilia rezultă atunci când speciile sunt incluse într-un taxon datorită posesiunii comune a caracterelor primitive (simplesiomorfe); dacă se recunoaște o familie de maimuțe mari (Pongidae) care exclude genul Homo (plasat în propria familie, Hominidae), Pongidae este, după toate probabilitățile, un taxon parafiletic. 1
Astfel, taxonii parafiletici tind să excludă speciile care ar trebui incluse, în timp ce taxonii polifiletici includ specii care ar trebui excluse. În practică, cele două forme de nonmonofilie sunt adesea greu de distins. Din punct de vedere biologic, evoluția care duce la despărțirea genofondului inițial în genofonduri separate care duc la apariția a două sau mai multe specii noi se numește speciere sau cladogeneză. De exemplu descoperirile arheologice ne-au arătat că evoluția homininelor nu s-a petrecut pe o linie dreaptă, monofiletică, care a dus la apariția speciei umane, ci au fost individualizate de către paleoantropologi peste douăzeci de specii mai înrudite cu noi decât cu cimpanzeii, deci aparținând ramurii noastre evolutive, iar cele mai multe dintre acestea au dispărut fără a lăsa descendenți.
În cadrul modelului polifiletic s-au remarcat două tendițe: una propune evoluția printr-un gradualism filetic în care schimbările se petrec gradual de-a lungul unei îndelungate perioade de timp, cealaltă afirmă ca schimbările în evoluție se întâmplă brusc după o perioadă indeterminată de echilibru și se numește teoria echilibrului punctat. 2
Analiza istoriei genetice a ordinului primatelor începe acum 250 MA când Pământul era dominat de reptile. Primele mamifere erau insectivore, de dimensiuni mici, preferau noaptea și erau asemănătoare chițcanilor sau cârtițelor. Din aceste animale au evoluat la începutul Paleogenului acum 65 MA plesiadapiformele, rudele cele mai apropiate ale primatelor. Nu există date suficiente pentru a reconstrui procesul evolutiv, dar se ipotizează că succesul supraviețuirii lor se datorează faptului că trăiau în coroana copacilor. Cu aproximativ 40 MA în urmă, maimuțele din Lumea Veche colonizează Africa și Asia, iar maimuțele din Lumea Nouă colonizează Americile, ca mai apoi să se separe – în urmă cu 25 MA – maimuțele mari, din care face parte familia antropoidelor. În fine, acum 7 MA se estimează momentul separări omului de cimpanzeu. Acest proces a dus la formarea a trei familii de primate: prosimieni, maimuțe mici sau non-antropomorfe și maimuțe mari sau antropomorfe. 3
În 1863 Thomas Huxley în cartea sa Man’s Place in Nature alătură omul altor primate, notând asemănările în particular cu cele antropomorfe spunând: „… astfel, oricare sistem de organe am studia, când se compară modificările acestora în seria maimuțelor, se ajunge la o singură concluzie: diferențele structurale care separă Omul de Gorilă și de Cimpanzeu nu sunt atât de mari ca acelea care separă Gorila de maimuțele inferioare”. 4
Până în 1980 maimuțele antropomorfe erau retrogradate într-o familie aparte, acea a pongidelor pentru că specia umană prezintă, într-adevăr, caracteristici anatomice diferite de cea a cimpanzeilor. În ultimii ani însă, datorită descoperirilor arheologice dar în special analizei filogenetice s-a demonstrat că această distincție dictată de tradiția antropocentrică nu este corectă din moment ce împărțim mare parte din patrimoniul nostru genetic. Suntem strâns înrudiți în special cu gorila, cimpanzeul și bonobo cu care împărțim mai bine de 97% din genom, prin urmare au fost incluși în subfamilia Homininae. Între Homo sapiens și Pan paniscus (bonobo sau cimpanzeul pigmeu) există o diferență genomică de numai 1,6% fiind astfel cea mai apropiată rudă existentă. 5
Când au apărut însă primele hominine, sau mai bine zis unde își are rădăcina arborele polifiletic pe care sunt așezați hominizii? Primul reprezentant cert al ramurei noastre evolutive a apărut acum 7 MA, în perioada în care analizele filogenetice plasează separarea homininelor de maimuțele antropomorfe. În această perioadă se încadrează fosilele lui Sahelanthropus tchadensis descoperit recent în Chad în anul 2001 și care este prezentat astăzi ca o specie anterioară australopitecinelor.
